Müzenin ilk örneği 1987 yılında koleksiyona katılan, MAMSKL 000001 Felis silvestris Schreber,1777’dir
Koleksiyon 1987 yılından günümüze bilimsel araştırmalar, ekskürsiyon çalışmaları ve araştırmacıların katkılarıyla bir araya getirilmiştir. Koleksiyondaki birkaç örnek hariç, tamamı Türkiye faunasına aittir.
Örnekler kendi özelliklerine göre, kuru olarak, sıvı çözeltiler içinde, iskelet ya da taksidermi olarak saklanmakta ve sergilenmektedirler.
Biriktirilen koleksiyon ilk olarak 24-30 Aralık 2004 tarihinde “Yeryüzünün Diğer Sahipleri: Hayvanlar” koleksiyon sergisi ile ziyaretçilere sunulmuştur. Bu sergide 174 türe ait 987 örnek yer almıştır. Üç gün olarak planlanan etkinlik yoğun ilgi nedeniyle beş güne uzatılmış, 4857 kişi ziyaret etmiştir. Sergi için üniversitenin henüz hizmete açılmamış kütüphane binasının alt katı Rektör Prof. Dr.Necat A. AKGÜN tarafından hazırlatılmış ve uygun hale getirilerek kullanılmıştır.
Koleksiyon sergisi ile gerçekleşen ilk deneyim sonuç vermiş, Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanlığı'na yapılan başvuru sonrasında dekanlığın 17 Ocak 2007 tarihli onayı ile ESOGÜ ZOOLOJİ MÜZESİ Meşelik Yerleşkesi F4 Blok bodrum katında hizmete başlamıştır. Müze açılış töreni Rektör Prof. Dr. Fazıl TEKİN’in katılımları ile gerçekleşmiş, açılış kurdelesini Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı Prof. Halil BUTTANRI ve Biyoloji Bölüm Başkanı Prof. Dr. Yalçın ŞAHİN kesmişlerdir.
Müzenin ziyaretçilerini bilgilendirme, faaliyetlerini sürdürmesini destekleme ve öğrencilerin zooloji bilimi ile tanışmalarını sağlamak amacıyla 07 Aralık 2007 tarihinde Fen-Edebiyat Fakültesi bünyesinde Zooloji Kulübü kurulmuştur.
Müzede 2011 yılında dolaplar ve aydınlatmalar yapılmış, salon ziyaretçiler için yeniden düzenlenmiştir.
Müzenin hizmet verdiği alanın fiziki şartlarının uygun olmaması ve mevcut binanın yıkım kararının alınması nedeniyle müze faaliyetlerine Temmuz 2021’de son vermiştir. Rektör Prof. Dr. Kemal ŞENOCAK tarafından Meşelik Yerleşkesi'nde Yabancı Diller Yüksekokulu zemin katındaki alanlar müze için tahsis edilmiş, alan gerekli şartlara uygun hale getirilmiştir. Koleksiyon Ekim 2021 tarihinde yeni alanına taşınmıştır.
Müzenin “Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu” kapsamında Türkiye Cumhuriyeti Kültür ve Turizm Bakanlığına bağlı özel müze statüsünde hizmet vermesi ile ilgili talep üniversite yönetimince uygun görülmüş; Rektör Prof. Dr. Kamil ÇOLAK’ın 05.02.2025 tarihli yazısı ile Bakanlığa başvuru yapılmıştır. Kültür ve Turizm Bakanlığının 18.03.2025 tarihli, E-61068116-150-6506629 sayılı yazısı ile ESOGÜ ZOOLOJİ MÜZESİ Bakanlığın izniyle özel müze statüsü kazanmıştır.
Yapılan tadilat ve düzenlemelerden sonra 04.06.2026 tarihinde gerçekleşen açılış töreniyle hizmet vermeye başlamıştır. Açılış kurdelesini üniversite rektörü Sayın Prof. Dr. Kamil ÇOLAK, Eskişehir Teknik Üniversitesi Rektörü Sayın Prof. Dr. Adnan ÖZCAN, ESOGÜ geçmiş dönem rektörleri Sayın Prof. Dr. Fazıl TEKİN, Sayın Prof. Dr. Hasan GÖNEN, TBMM 19. Dönem Eskişehir Milletvekili Sayın Fevzi YALÇIN, rektör yardımcıları Prof. Dr. Emine GÜMÜŞSOY, Prof. Dr. Hakan DEMİRAL, Biyolojik Çeşitlilik ve Koruma Dergi yayıncısı Prof. Dr. Ersin YÜCEL ve Dr. Öğr. Üyesi Hakan ÇALIŞKAN kesmişlerdir.
